描述
在研究和診斷中,PCR是一種檢測DNA是否存在的敏感方法。PCR中使用的聚合酶經(jīng)常被E.coli DNA污染。當檢測少量細菌DNA時,污染的DNA可能導(dǎo)致靈敏度降低和假陽性。其他污染源可能是dNTPs、緩沖體系、引物/探針,以及操作過程中引入的DNA污染。一般來說,對細菌的檢測和分型采用16S或23S rDNA基因保守區(qū)段為靶點的廣譜范圍探針。該方法對細菌DNA污染非常敏感,而大多數(shù)Master mix和聚合酶中都發(fā)現(xiàn)細菌DNA的痕跡。當使用qPCR檢測或定量少量的細菌DNA時,污染的E.coli DNA可能會導(dǎo)致假陽性結(jié)果。
為了解決這個問題,我們開發(fā)出PCR去污染試劑盒,既能去除Master mix中細菌DNA污染,又不影響PCR反應(yīng)的靈敏度。此外,該試劑盒無RNase活性。
優(yōu)勢
1. 減少背景污染,提高目標基因檢測下限;
2. 不影響PCR檢測靈敏度;
3. 簡單易用,操作方便。
應(yīng)用 1. 去除PCR及RT-PCR的mastermix中E.coli內(nèi)源DNA污染及其他DNA污染;
2. 用于終點PCR和探針依賴的qPCR;
3. 用于細菌檢測及基因分型;
4. 用于古細菌DNA檢測。
組分及特性
dsDNase:雙鏈特異性DNA酶,去除Master mix、引物及探針等的污染DNA;
DTT:60℃條件下,能夠不可逆滅活dsDNase,確保模板DNA不被清除。
不降低反應(yīng)靈敏度 DNA污染是高靈敏度應(yīng)用面對的主要問題。這些應(yīng)用,以低豐度DNA為目標檢測基因,極易受到污染DNA的干擾。因此,任何影響PCR靈敏度的去除DNA污染的方法,都是不能使用的。
Figure 2. 用PCR去污染試劑盒處理/未處理的mastermix、5個10倍梯度稀釋的gDNA和水(NTC)為模板進行qPCR檢測。與NTC untreated組相比,NTC decontaminated組在45個cycle仍然沒有信號,說明PCR去污染試劑盒能程度去除mastermix中的污染。PCR去污染試劑盒處理前/后數(shù)據(jù)相比,Cq值并沒有明顯改變,說明基本不影響反應(yīng)靈敏度。
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